Klinická anatomie domácích zvířat vznikla na základě podnětu prof. MVDr. Huga Černého, DrSc. Ten, díky svým dlouholetým znalostem a zkušenostem získaných na univerzitách v zahraničí a svým pedagogickým přístupem zaměřeným zejména na praktické dovednosti, nabídl studentům poprvé v roce 1988, formou přednáškového cyklu, nepovinné přednášky z Klinické a topografické anatomie domácích zvířat.
Od samého počátku byl mezi studenty, především z vyšších ročníků, o tento předmět poměrně značný zájem. Ukázalo se, že přednášky, praktická ověřovací anatomická cvičení a demonstrace anatomických útvarů na živém zvířeti jsou pro studenty velmi potřebné a přispívají ke zlepšení jejich klinicko-topografické orientace. Proto z rozhodnutí vedení Fakulty veterinárního lékařství byl předmět Topografická a klinická anatomie zařazen mezi povinně volitelné předměty zakončené zkouškou.
Předmět byl v té době zaměřen zejména na koně a skot, jako modelová zvířata a pouze okrajově se řešila problematika klinické anatomie ostatních domácích zvířat. Od roku 2002 se začal na výuce Klinické anatomie podílet MVDr. Michal Kyllar, PhD, který se zaměřil převážně na problematiku topografické a klinické anatomie psa a kočky. Rozšířila se hlavně praktická výuka se zaměřením na anatomické podklady klinického vyšetření, vyšetřovacích a chirurgických technik, a biomechaniku kloubů a pohybu obecně.
V roce 2009 posílila tým Klinické anatomie MVDr. Barbora Doškářová, která obohatila předmět o své zkušenosti v zobrazovací diagnostice a zavedla sérii přednášek a cvičení zaměřených na toto téma. Klinická anatomie domácích zvířat se jako předmět neustále vyvíjí a je dále doplňována novými poznatky jak z preklinických, tak i z klinických disciplín, které mají přímou návaznost na anatomii. Přednášky jsou průběžně obohacovány příspěvky odborníků od nás i ze zahraničí, jakými byli např. prof. F.V. Salomon (Leipzig), prof. K.H. Geyer (Zurich), C.I.F. Maas (Utrecht) atd.