Obsahově zaměření předmětu vychází z regionálního topografického popisu, z povrchové projekce anatomických útvarů a orgánů na těle živých zvířat, ze skeletových průmětů vnitřností, syntopických vztahů orgánů a stratigrafického popisu jednotlivých vrstev od povrchu do hloubky. Stratigrafický popis tvoří potřebné zázemí pro operační zákroky a techniky v chirurgii. Anatomie zobrazovacích metod (radiografie, ultrasonografie, CT, MRI) a základy biomechaniky pohybového aparátu jsou nezbytné nejen pro studium chirurgie a ortopedie, ale vytváří i základ pro stanovení diagnózy. Klinická anatomie je neodmyslitelně spjata s moderními zobrazovacími, endoskopickými a dalšími vyšetřovacími metodami.
Klinická anatomie domácích zvířat je zaměřena především na studium topografickoanatomické a klinické anatomie psa, kočky, koně a přežvýkavců. Výuka vychází z klasických znalostí systémové a topografické anatomie, které propojuje základy klinických technik a metod nezbytných pro základní vyšetření, stanovení diagnózy a provedení případného operačního zákroku. Výuka předmětu klinické anatomie domácích zvířat je založena na přednáškách a praktických cvičeních. Na tématicky zaměřené přednášky navazují praktická cvičení rozdělená do tří částí. V první části cvičení se demonstrujípoznatky z přednášky na živém zvířeti, student by se tak měl prakticky seznámit s danou problematikou. V druhé části cvičení student aplikuje poznatky z přednášky a demonstrace sám přímo na živém zvířeti. Třetí část cvičení je pak zaměřena na aplikaci klinických technik na kadáverech a na pitvu specifických oblastí.
Klinická anatomie se jako povinně volitelný předmět zaměřuje především na praktickou výuku studentů nezbytnou pro přípravu na vlastní klinické předměty, které v konečné podobě formují profil absolventa – veterinárního lékaře.
Rozšiřuje a aplikuje poznatky ze systematické anatomie, posiluje odborné zázemí navazujících preklinických a klinických předmětů, přispívá k dokonalejší topografickoanatomické a klinické orientaci a usnadňuje tím vlastní studium klinických předmětů.